离子交换层析有很高的生物分子交换能力。所以往往选择它作为纯化的第一步。 通过改变盐浓度、盐类型、 pH值、树脂种类，离子交换层析可以表现出很高的结合能力和洗脱选择性。所以它也可以被用作纯化的中间步骤。离子交换层析的一个重要特性是它能浓缩结合组分。离子交换层析可用来处理非常稀的样品液，捕获目标分子。

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离子交换介质是目前蛋白分离纯化中应用最广泛的方法之一，既可用于捕获初分离，也可用于中度纯化与精细纯化。 操作简单，流动相便宜，蛋白活性回收率高。

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